یکی از دلایل عدم استرداد به موقع مالیات برخی از مودیان، ظهور و بروز پدیده کد فروشی و جعل اسناد مالی مرتبط با اجرای قانون است که در رابطه با اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده رخ داده است.
قانون مالیات بر ارزش افزوده در سال 1387 تصویب و به صورت آزمایشی به اجرا درآمده، اما تاكنون كه حدود 7 سال از اجرای آن سپری شده، بسترها و زیرساخت‌های لازم برای اجرای دقیق و صحیح این قانون ایجاد نشده و شیوه كنونی اجرای آن به نوعی با بخش های مختلف اقتصادی به ویژه بخش تولید كشور، همراه و سازگار نشده است.
به همین منظور، مشکلات و چالش‌های اجرای این قانون درخصوص برخی صنایع تولیدی منتخب كشور ازجمله صنعت تولید فرش دستباف، صنعت تولید لوازم خانگی و صنعت تولید محصولات غذایی و لبنی از سوی مرکز پژوهش های مجلس مورد بررسی قرار گرفتند.
نتایج بررسی به عمل آمده نشان می‌دهد كه اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده به شیوه فعلی و با احکام و بسترهای موجود، مشکلاتی را برای تولیدكنندگان بخش صنعت به وجود آورده است. معافیت برخی كالاها از پرداخت مالیات از یك طرف و عدم معافیت زنجیره پیشین آنها از طرف دیگر، نحوه استرداد مالیات بر ارزش‌افزوده پرداخت شده، كاستی‌های زیرساختی مورد نیاز در اجرای قانون، تفسیرپذیر بودن برخی احکام و امکان سلیقه‌ای شدن اجرا و معضل اساسی استرداد اعتبار مالیاتی فعالان اقتصادی و بروز و ظهور پدیده كدفروشی از مهم‌ترین چالش‌های اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده در صنایع تولیدی كشور است.
تاكنون حدود 7 سال از اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده سپری شده اما بسترها و زیرساخت‌های لازم برای اجرای دقیق و صحیح این قانون ایجاد نشده است
مرکز پژوهش‌های مجلس به منظور رفع چالش‌های اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده در بخش صنعت كشور، پیشنهاد کرده است: اولا برخی از كالاهای معاف از مالیات، مشمول نرخ صفر شوند، زیرا با مشمول نرخ صفر شدن كالاهای معاف، بار مالیاتی بر دوش تولیدكنندگان كالاهای نهایی قرار نمی‌گیرد و در ضمن مصرف كننده نهایی نیز از بابت قیمت كالای خریداری شده، متحمل افزایش قیمت غیرمنطقی نخواهد شد. در عین حال فرآیند استرداد مالیات به تولیدكنندگان نیز پیچیده و موكول به قانون مالیات‌های مستقیم نمی‌شود. ثانیا فراهم ساختن زیرساخت‌های لازم برای اجرای صحیح قانون در دستور كار قرار گیرد.
پیشنهاد سوم مرکز پژوهش‌های مجلس این است که تفسیرپذیری و سلیقه‌ای اجرا شدن برخی احکام ازجمله بند 4 ماده 12 قانون مالیات بر ارزش افزوده از طریق ایجاد شفافیت در كالاهای مشمول و تسری آن به انواع گروه كالایی به جای تاكید صرف بر نام كالا، رفع شود. چهارم، مشکل استرداد به موقع اعتبار مالیاتی مودیان رفع شود.
عدم استرداد به موقع اعتبار مالیاتی مودیان در اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده به چند دلیل صورت می‌گیرد. اولین دلیل آن، نبود امکانات زیرساختی و تجهیزات و نیروی انسانی خبره در سازمان امور مالیاتی است، چراكه بدون این امکانات عملا رسیدگی و نهایی كردن پرونده‌های مالیاتی میسر نبوده و بر این اساس، استرداد اعتبار مالیاتی مودیان نیز در مواعد قانونی مشخص امکان‌پذیر نمی‌شود. دلیل دیگر عدم استرداد به موقع مالیات برخی از مودیان، ظهور و بروز پدیده كد فروشی و جعل اسناد مالی مرتبط با اجرای این قانون است كه در رابطه با اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده رخ داده است.
